CHKO Blanský les je členěna do 4 zón. Jednotlivé zóny odstupňované ochrany přírody představují míru usměrňování lidské činnosti, respektive jejích dopadů na přírodní kvalitu daného území. Nejpřísnější režim ochrany má první zóna, nejmírnější IV. zóna ochrany.

I. zóna​​​​​​​​​​​​​​

​​​​​​​Do I. zóny jsou zařazena území s nejvýznamnějšími přírodními hodnotami, biologickou rozmanitostí či vysokou ekologickou stabilitou krajiny, zejména území přirozených a člověkem málo pozměněných lesních ekosystémů s vysokým podílem autochtonních dřevin s pestrou druhovou, prostorovou a věkovou skladbou, dále přirozené a přírodě blízké luční ekosystémy vzniklé a udržované zemědělským hospodařením a další zvláště významná území z hlediska biologické rozmanitosti, často s výskytem zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů. Část z nich je již chráněna formou MZCHÚ.

II. zóna

II. zóna zahrnuje území hospodářsky využívaných lesních, lučních a vodních ekosystémů s vyšším podílem přírodě blízkých společenstev, místně zachovalými přírodními hodnotami a ostatní přírodně hodnotné plochy, které jsou hospodářsky využívány přírodě šetrným způsobem.

III. zóna

Do III. zóny jsou zařazeny lidskou činností značně pozměněné ekosystémy, intenzivně využívané zemědělské (převážně orná půda) a lesní pozemky mimo zastavěná území obcí, území s rozptýlenou venkovskou zástavbou a zástavbou s účelovými stavbami, zejména pro lesnictví, zemědělství, vodní hospodářství a dopravní infrastrukturu.

IV. zóna

Od roku 2022 nově vymezená IV. zóna zahrnuje pouze lidskou činností silně pozměněné části přírody a zastavěné plochy nezahrnuté do jiných zón ochrany přírody.