CHKO Blanský les je členěna pouze do 3 zón. Jednotlivé zóny odstupňované ochrany přírody představují míru usměrňování lidské činnosti, respektive jejích dopadů na přírodní kvalitu daného území. Nejpřísnější režim ochrany má první zóna, nejmírnější III. zóna ochrany.

I. zóna​​​​​​​​​​​​​​

​​​​​​​Do I. zóny jsou zařazeny nejhodnotnější celky přírodě blízkých, zejména lesních ekosystémů, namnoze s výskytem chráněných druhů či významných geomorfologických jevů; část z nich je již chráněna formou MZCHÚ.

II. zóna

Do II. zóny jsou zařazeny částečně pozměněné lesní, luční a pastevní ekosystémy či mozaiky ekosystémů přírodě blízkých a člověkem silně ovlivněných, ale také krajinářsky významné celky luk s remízky a rozptýlenou zástavbou.

III. zóna

Do III. zóny jsou zařazeny lidskou činností značně pozměněné ekosystémy, intenzivně využívané zemědělské (převážně orná půda) a lesní pozemky a menší sídla s dochovanou urbanistickou strukturou.

Připravujeme novou zonaci

V součastnosti Agentura ochrany přírody a krajiny ČR připravila nový návrh zonace chráněné krajinné oblasti. Ten rozdělí celou oblast na čtyři zóny podle aktuálního stavu přírody a krajiny – dosud používané vymezení bylo zastaralé (neodpovídalo zákonu) a neodpovídalo aktuálnímu stavu přírody a krajiny Blanského lesa. Tento návrh Agentura předjednala v letech 2018–2019 s Jihočeským krajem, obcemi a významnými hospodařícími zemědělskými a lesnickými subjekty. Na základě tohoto předjednání byl návrh zonace upraven a nyní jej zpracovává Ministerstvo životního prostředí. Cílem nového vymezení zonace je účelná ochrana nejcennějších míst Blanského lesa a zároveň snížení administrativní zátěže vlastníků a hospodářů tam, kde to není nutné.