Zonace CHKO Železné hory je vymezena vyhláškou MŽP č. 142/2016 Sb.

​​​​​​​​​​​​​​I. zóna

je nejcennější zónou, zaujímá celkem 6% území chráněné krajinné oblasti. Plocha je dále rozdělena do 23 dílčích ploch. Zahrnuje zejména přírodě blízké lesy, nejzachovalejší enklávy druhově pestrých luk a rybníky s výskytem chráněných druhů. Plochy I. zóny se významně překrývají s maloplošnými zvláště chráněnými územími.

II. zóna

pokrývá 19% území a zahrnuje hlavně lesy s vyšším podílem listnáčů a  druhově pestřejší louky.

III. zóna

zaujímá největší část, téměř tři čtvrtiny území. Je tvořená z větší části poli, kulturními loukami a hospodářskými lesy.

IV. zóna

v sobě zahrnuje především zastavěné a zastavitelné plochy větších sídel a rekreačních oblastí. Zaujímá 3% plochy CHKO Železné hory.

 

Režim ochrany území odstupňovaný dle jednotlivých zón upravuje § 26 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny.