Zvířecí obyvatelé Moravského Krasu se od ostatních krasových oblastí Česka odlišují zejména díky tomu, že toto území je lesnaté, podhorského rázu, s velkým vlivem nedalekých Karpat. Díky pestrosti zdejší krajiny se i na malé ploše nachází velmi pestrá mozaika různorodých stanovišť – a s nimi i nejrůznějších obyvatel.

Pro nejteplejší místa – jižní travnaté svahy – jsou charakteristické druhy jako cikáda trnková, jasoň dymnivkový, ještěrka zelená, ťuhýk obecný nebo strnad luční.

Ve skalách a sutích žijí nejrůznější plži, chvostoskoci a šupinušky, ale i vzácní motýli, například několik druhů píďalek. Hnízdí zde výr velký nebo sokol stěhovavý.

Lesy hostí velké množství druhů – záleží na jejich typu. V údolních nivách dosud poletuje vzácný modrásek bahenní nebo ledňáček říční, v říčce Punkvě v oblasti Macochy byl objeven máloštětinatec Bythonomus absoloni, který je považován za endemita Moravského krasu (tj. druh, který nežije nikde jinde). Na dně propasti Macocha a v jeskyních žijí druhy, které si zvykly na nehostinné podmínky – zimu, vlhko a tmu. Symbolem jsou bezesporu netopýři, kterých bylo v Moravském Krasu nalezeno 24 druhů z 27 v Česku žijících, z toho 17 druhů ve zdejších jeskyních zimuje.

Někteří obyvatelé Moravského Krasu v minulých desetiletích vymizeli – například skalník zpěvný. Dlouhou dobu chyběl sokol stěhovavý, který zde však v roce 2016 opět úspěšně zahnízdil. Naopak se sem nastěhovali čáp černý, krkavec velký, ořešník kropenatý a sýc rousný, u něhož bylo první hnízdění prokázáno teprve v roce 1998.